Merdeka telah menyatakan untuk menurunkan intensitas emisi sebesar 29% pada 2030 dan mencapai Target Emisi Nol-Bersih pada 2050 untuk emisi Cakupan 1 dan Cakupan 2. Untuk itu, Merdeka mengadakan berbagai program, di antaranya efisiensi energi pembangkit listrik, penghematan energi, pemanfaatan limbah padat, maupun mengadopsi teknologi yang inovatif dan layak.
Pada 2021, Merdeka telah mulai menghitung data dasar emisi Gas Rumah Kaca Cakupan 1 dan 2. Data dasar tersebut akan digunakan untuk menentukan tingkat pencapaian dari Target Emisi Nol-Bersih.
Merdeka juga mulai memasang panel surya di Tambang Tembaga Wetar dan menjalankan rehabilitasi lahan di Tambang Tujuh Bukit dan Tambang Tembaga Wetar yang menghasilkan pengurangan GRK sekitar 207 tCO2(e) pada 2021.
Emisi CO2(e) di Tambang Tujuh Emas Bukit pada 2021 adalah 75.417 ton CO2(e), meningkat 15% dari 66.094 ton CO2(e) pada 2020. Kenaikan tersebut disebabkan oleh gangguan produksi akibat insiden pelataran pelindian pada September 2020 dan baru selesai diperbaiki pada Februari 2021. Sementara itu, intensitas emisi di Tambang Emas Tujuh Bukit mengalami peningkatan, dari 0,42 ton/oz emas pada 2020 menjadi 0,60 ton/oz emas pada 2021 karena kualitas bijih yang lebih rendah.
Total emisi CO2(e) Tambang Tembaga Wetar meningkat 30%, dari 53.101 ton CO2(e) pada 2020 menjadi 69.331 ton CO2(e) pada 2021. Namun, Tambang Tembaga Wetar berhasil menurunkan intentitas emisi secara signifikan sebanyak 63%—dari 9,88 ton CO2(e)/ton tembaga pada 2020 menjadi 3,64 ton CO2(e)/ton tembaga pada 2021—yang disebabkan oleh kadar bijih yang tinggi, dan hasil dari sejumlah inisiatif efisiensi energi, seperti pengoperasian genset yang lebih efisien, penggunaan Solar B30, dan proyek percobaan panel surya.
