Pengelolaan limbah di seluruh operasi tambang PT Merdeka Copper Gold Tbk dilakukan untuk mencegah pencemaran udara, tanah, dan air, serta menghindari dampak negatif bagi masyarakat di sekitar area operasi. Pengelolaan limbah dilakukan dengan menaati prosedur pengelolaan dalam Rencana Pengelolaan Lingkungan dan Rencana Pemantauan Lingkungan. Merdeka memiliki mekanisme pengaduan, prosedur, dan infrastruktur jika terjadi kebocoran limbah sebagai langkah mitigasi untuk potensi insiden lingkungan.
Dalam setiap operasinya, Grup Merdeka secara tak terhindarkan menghasilkan limbah padat yang terdiri atas limbah B3 (Bahan Berbahaya dan Beracun) dan non-B3. Limbah B3 dikelola dengan mengirimkannya ke fasilitas pengolahan dan pemanfaatan berlisensi untuk dibuang dan didaur-ulang. Limbah non-B3, termasuk limbah domestik, dikelola melalui program 3R (Reduce, Reuse, Recycle), baik yang dilakukan secara internal oleh masing-masing operasi tambang atau melalui kerja sama dengan pihak ketiga berlisensi dan masyarakat setempat. Semua limbah non-B3 yang tidak dapat dimanfaatkan dikirim ke Tempat Pemrosesan Akhir (TPA).
