Merdeka secara aktif menerapkan kampanye 3R (reduce, reuse, recycle). Semua sisa limbah diidentifikasi, dipilah, diukur, dan dimusnahkan, atau dimanfaatkan sesuai peraturan perundangan yang berlaku. Pemusnahan dan pemanfaatan limbah dilakukan melalui kerja sama dengan pihak ketiga berlisensi.
Limbah Bahan Berbahaya dan Beracun (B3) di Tambang Emas Tujuh Bukit dan Tambang Tembaga Wetar dikelola dengan mengirimkannya ke pihak ketiga berlisensi. Kedua operasi tambang Merdeka tersebut mengirimkan oli bekasnya kepada perusahaan pengolah yang sama dan mendaur ulang 50-65% limbah B3 menjadi solar dan minyak bakar.
Semua limbah bahan berbahaya beracun (B3) Tambang Emas Tujuh Bukit dikirim ke fasilitas pengolahan dan pemanfaatan limbah B3 yang memiliki izin pemusnahan dan pemanfaatan. Pada 2021, 954 ton LB3 dikelola sesuai dengan peraturan pemerintah, tanpa insiden.
Sementara itu, limbah tidak berbahaya, termasuk limbah domestik, dikelola melalui program 3R (reuse, reduce, recycle). Limbah sisa makanan dikelola oleh masyarakat lingkar tambang untuk pakan ternak. Daur ulang limbah anorganik yang bernilai ekonomis dilakukan oleh usaha lokal dampingan perusahaan. Sisa limbah tidak berbahaya berupa sampah domestik dikirim ke Tempat Pembuangan Akhir yang dikelola oleh Pemerintah Kabupaten Banyuwangi.
Tidak ada dampak signifikan terhadap lingkungan akibat kejadian tumpahan hidrokarbon pada 2021 di wilayah Tambang Emas Tujuh Bukit. Setiap tumpahan dapat ditangani segera dan tanah yang terkontaminasi tumpahan segera dikumpulkan dan dikelola sebagaimana limbah B3.
Semua limbah Bahan Berbahaya dan Beracun (B3) yang dihasilkan di Tambang Tembaga Wetar dikirim ke fasilitas pengolahan dan pemanfaatan limbah B3 berlisensi. Pada 2021, operasi BKP-BTR telah mengirim limbah sebanyak 888 ton.
Beberapa tumpahan signifikan terjadi pada 2021. Tumpahan ini segera ditampung, dinetralisir, dan diremediasi, tanpa menimbulkan dampak terhadap lingkungan sekitar. Kejadian tersebut telah diinvestigasi, dan menghasilkan rekomendasi pencegahan.
